En biologie, la décomposition, appelée aussi putréfaction, est le processus par lequel des corps organisés, qu’ils soient d’origine animale ou végétale dès l’instant qu’ils sont privés de vie, dégénèrent sous l’action de facteurs biologiques modifiant complètement leur aspect et leur composition. Le processus de décomposition fait intervenir une succession de micro-organismes tels que les champignons et les bactéries, le plus souvent anaérobies. Autrement dit, il s’agit de la dégradation des molécules organiques par l’action de micro-organismes. La décomposition est à la base de la constitution de l’humus et de certains réseaux trophiques temporaires.

Le processus de décomposition évolue au cours du temps en fonction des conditions environnementales telles que la disponibilité en oxygène, la température ou l’humidité et de la qualité du substrat comme le rapport carbone/azote (rapport C/N), la qualité du carbone (proportion de composés solubles, cellulose, lignine, tanin…) ou le contenu en éléments minéraux (azote, phosphore).